GOA Sunyaragi masih menyimpan misteri bagi para peneliti. Salah satu pertanyaan yang hingga kini belum terjawab adalah dari mana datangnya inspirasi bangunan yang disusun dari batu karang itu.
Banyak versi diungkap untuk menjelaskan keberadaan batu-batu karang yang menempel di sekujur dinding Goa Sunyaragi. Menurut cerita rakyat versi Carub Kanda, inspirasi corak bangunan batu karang itu diperoleh Sunan Gunung Jati melalui mimpi-mimpinya.
Seperti diceritakan Mulyana Yusuf, juru pelihara Goa Sunyaragi, konon sang sunan bermimpi melihat istana yang bentuknya tidak jelas dan tidak beraturan. Mimpi itu datang berulang kali. Suatu ketika, datanglah kapal-kapal dagang dari Tiongkok yang membawa muatan batu-batu karang bersandar di Pelabuhan Cirebon.
”Sunan memungut beberapa batu, lalu mencoba menumpuknya dan beliau kaget karena bentuk batu yang tidak beraturan itu mirip sekali dengan mimpinya,” ujar Mulyana. Sunan kemudian menceritakan mimpinya dan batu-batuan karang yang diangkut kapal Tiongkok itu kepada salah satu kerabatnya, Pangeran Losari, yang kemudian menjadi arsitek Sunyaragi.
Pada saat pertama kali membangun Sunyaragi, Losari mendesain corak estetika bangunan seperti wadasan yang berarti menyerupai batu karang. Pada pembangunan tahap berikutnya, abad ke-17, setelah Sunan Gunung Jati meninggal, desain estetika bangunan dirancang oleh pengikut Ong Tien Nio, istri Sunan Gunung Jati. Untuk goa di bagian tengah, mereka mengambil corak mega mendung.
Arkeolog dari Balai Arkeologi Bandung, Nanang Saptono, mengatakan, bangunan bercorak batu karang menjadi ciri khas seni budaya Cirebon. Batu karang atau wadasanitu merupakan simbol dunia bawah, yaitu dunia manusia. Adapun dunia atas atau dunia para dewa disimbolkan dengan bentuk awan atau mega.
Ia mengatakan, di setiap bangunan yang berkaitan dengan Cirebon selalu ada motif wadasan ini. Di beberapa tempat di Cirebon, misalnya di Keraton Gebang milik salah satu bangsawan Cirebon, juga ditemukan bangunan bermotif batu karang meskipun hanya sebagian. Keraton Kanoman juga mengadopsi motif batu karang.
”Sunyaragi merupakan bangunan batu karang paling besar di Cirebon,” ungkap Nanang yang pernah melakukan penelitian ekologi di situs Sunyaragi. Ditilik dari berbagai jenis batu karang yang digunakan untuk membangun taman sari tersebut, ia berkesimpulan, karang-karang itu didatangkan dari lokasi berbeda.
Beberapa jenis karang yang dipakai adalah batu kapur atau gamping tua, yang sebagian bahkan sudah membentuk lapisan marmer. Karang semacam itu, lanjutnya, berasal dari kawasan karst (bukit kapur) di Pegunungan Kromong di selatan Cirebon.
Di Goa Sunyaragi juga mudah ditemukan karang-karang muda yang berbentuk seperti terumbu karang. Karang semacam itu diambil dari dasar laut. Namun, Nanang belum bisa menemukan jawaban mengapa corak bangunan batu karang itu hanya berada di wilayah Cirebon, tidak menyebar ke daerah lain.
Peneliti dari Pusat Arkeologi Nasional, Bambang Budi Utomo, yang banyak meneliti bangunan candi, mengatakan, corak seperti candi di Sunyaragi hingga sekarang masih menjadi misteri. Ia sendiri meyakini, corak semacam itu hanya ada di Cirebon dan tidak menyebar ke tempat lain. Mungkin hal ini berkaitan dengan pengaruh kebudayaan khas cirebonan yang tidak dominan di wilayah perbatasan Jawa Barat dan Jawa Tengah itu.
Ciri lain dari bangunan khas Cirebon adalah pintu yang pendek. Ini menggambarkan filosofi kuno yang selalu mengingatkan agar sebagai manusia kita harus selalu rendah hati karena ada zatlain yang lebih tinggi dan berkuasa daripada manusia. Selain itu, mereka yang merunduk saat masuk melalui pintu itu diharapkan juga selalu menghormati orang yang lebih tua.
